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黄巢的部队浩浩荡荡进入长安，不少长安的老百姓夹道欢迎。进城的队伍中不知事先有所布置还是义军真正爱惜老百姓，不时有士兵走出队列，掏出一把钱送给一些穷苦的欢迎者。尚让还命令走在后面的士兵贴出布告，布告上写道：“黄王起兵，本为百姓，非如李氏不爱汝曹，请长安百姓各安生业，不必恐慌。”
可是平安的日子没过几天，黄巢的军队就开始烧杀劫掠。出营抢劫的士兵尤其憎恨那些有钱人和官吏，捉住这些人顿时就是一阵乱刀。街上到处可以看到被杀的死者，店铺、豪宅被劫掠一空，并被放火烧毁，京城一片混乱。同时黄巢也下令把留在京城未来得及同僖宗皇帝一起逃走的宗室皇亲全部杀光。
广明元年（公元880年）农历十二月十三日（壬辰日），黄巢在长安皇宫含元殿即皇帝位，定国号为大齐，改年号为金统。由于登基做皇帝时间仓促，黄巢登基时穿了一件黑袍子，上面用金色画上龙纹。由于没有乐队奏乐，就用上百面战鼓代替。殿下的文武官员跪倒行礼，山呼万岁后，黄巢登上五凤楼，昭告天下，李唐已灭，大齐当兴。
接着黄巢就开始封官，这些被封官的人中，有黄巢义军中的功臣宿将，也有新投降义军的唐朝旧臣。黄巢封妻子曹氏为皇后，尚让为太尉兼中书令，赵璋兼侍中，崔璆、杨希古并同平章事，孟楷、盖洪为左右仆射，知左右军事，费传古为枢密使，以太常博士皮日休为翰林学士。大将朱温、许建、张全等被封为游奕使。
大齐皇帝黄巢命令所有的唐朝旧官僚都要到赵璋的府邸报到，否则杀无赦。三品以上官员全部停任，四品以下仍任原职。唐丞相豆卢瑑、崔沆、右仆射于琮等没来的及逃出长安，躲在金吾大将军张直方府中，被人告密，结果同张直方全家一起被杀。被杀的还有唐宣宗李忱的女儿广德公主，她是于琮的妻子。
称帝之前的一天，黄巢就住进了唐王朝的皇宫。华丽的宫殿，美丽的宫女，使得这位不第秀才，起义军领袖坠入了温柔乡中。黄巢年轻时曾写过一首名为《咏菊》的诗，在诗中他写道：
飒飒秋风满院栽，蕊寒香冷蝶难来。
他年我若为青帝，报与桃花一处开。
这首诗写出了黄巢早年抱负和胸怀，可以说现在的他已经成为了一朝的人王帝主，志得意满。在庆祝胜利的宴会上，黄巢醉了。但他忘掉了一件大事，那就是他应该派得胜之师追击敌人，使倾覆了的唐王朝不再死灰复燃。
正在黄巢忙于登基做皇帝的时候，唐僖宗正奔波在去蜀地的路上。在几百神策军的护卫下，僖宗皇帝日夜不停向西逃窜，许多跟随的官员都掉了队，跟不上僖宗的车驾。将要到骆谷的时候，在道上见到了来接驾的凤翔节度使郑畋。郑畋拜伏在地请求僖宗留在凤翔。可僖宗李儇说道：“我可不想离黄巢这个巨寇那么近，我要到兴元去，在那里召集军队以图恢复。望爱卿东拒贼兵，西抚番邦，联合周边各镇兵马，建立功勋。”郑畋又奏道“路途遥远，有些事不便奏报，可否便宜行事？”李儇答应了郑畋，允许他可以自行决定。
李儇的车驾到了婿水（湑水陕西城固县）才停下脚步，向陈敬瑄、牛勖、杨师立发出了圣驾要幸蜀的通报。
郑畋回到凤翔召集属下文武商讨抵御黄巢义军的办法，不少人害怕义军势大，建议不要和义军作战，等朝廷援军到来再和义军作战。郑畋对这样地回答很不满意，他大声喊道：“难道你们让我臣服于巢贼吗？”说完这句话顿时扑倒在地，不醒人事，把脸都磕青了。众人把他抬进卧室，郑畋话都不会说了。这时黄巢派来使者送来劝降书，监军彭敬柔接待来使，代替郑畋签署了投降书。在招待使者的宴会上，刚刚一开始奏乐，将令们都大哭起来。使者问大家为什么哭，监军回答：“这是因为我们的头郑畋得了风痹病，所以大家伤心。”城中居民，听到要降巢的消息，也有不少人哭了起来。郑畋知道了，病马上好了，他对手下人说道：“我故知人心尚未厌唐，贼寇灭亡指日可待！”他刺破手指，写表上奏僖宗表示决心拒贼，
并召集众将歃血为盟，誓与义军死战。郑畋带领大家修城墙，训练士卒，并传檄邻道合兵讨贼。他还把散在关中各地的几万禁军收到麾下，壮大了自己的力量。一支忠于唐王朝，决心与义军为敌的队伍就这样形成了。