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话说神农氏亲自搭成的木架之所在，也就成了后世传说中神农架的由来。
为了在这里尝试草药、找医药，神农就叫臣民在山上栽了几排冷杉，当做城墙防野兽，在墙内盖茅屋居住。后来，人们就把神农住的地方叫‘木城‘。
白天，他领着臣民到山上尝百草，晚上，他叫臣民生起篝火，他就着火光把它详细记载下来：哪些草是苦的，哪些热，哪些凉，哪些能充饥，哪些能医病，都写得清清楚楚。
有一次，他把一棵草放到嘴里一尝，霎时天旋地转，一头栽倒。臣民们慌忙扶他坐起，他明白自己中了毒，可是已经不会说话了，只好用最后一点力气，指着面前一棵红亮亮的灵芝草，又指指自己的嘴巴。臣民们慌忙把那红灵芝放到嘴里嚼嚼，喂到他嘴里。神农吃了灵芝草，毒气解了，头不昏了，会说话了。从此，人们都说灵芝草能起死回生。
臣民们担心他这样尝草，太危险了，都劝他还是下山回去。他又摇摇头说：‘不能回！黎民百姓病了没医的，还在痛苦中煎熬，我们又怎么能回去呢！‘说罢，他又接着尝百草。
他尝完一山花草，又到另一山去尝，还是用木杆搭架的办法，攀登上去。一直尝了十数年，踏遍了无数的山山岭岭，期间也无数次的中毒，可是在自己的水晶肚和自己对药草的理解下，最后还都是转危为安。
可惜他还只是尝了一部分的药草，神农也不泄气，他相信总有一天自己能将大部分药草的特性都记录下来，不过最初那些以鼎光为首的跟随神农前来的臣民也都大半身死，没死的那几个也都被神农赶回去了，并且让他们带回去了这些年神农尝百草所得。
这天神农来到一座名为发鸠山的大山之下。这座大山上的植物也是很多，有很多还是神农以前没有见过的。神农欣喜之下，把一株自己以前从未见到过的小草放入了自己口中。
这草刚一入口，神农霎时间只觉得天旋地转，猛的一下载到在了地上。
这一次的毒性虽然比神农以前中的毒要强上许多，但是以神农的水晶肚的神奇原本是不至于此的。可是这株草的毒性居然引发了神农一直以来体内混合压制的其他毒性，无数种毒混合在一起发生了变异早已不是凡间之毒了。
神农想要像以前用各种可以解毒的药草都试过了，可是却都没多少效果，腹中疼痛更甚，这感觉就好像自己的肠子断裂开来一样。尝试了好几次，结果依旧，神农只好放弃了，不过还是忍着剧痛将这一药草记录了下来，并命名为“断肠草”，希望以后族人不要再捣自己的覆辙，随后神农又深深的想到：“想不到自己居然要死在这里了，可惜自己的理想还没有实现，还没有帮族人们解决病痛的威胁。”
神农浑身不断冒着冷汗，他感觉到自己的肚子像碾心一般的疼痛，肠子好象断裂成了好几节一般。正当神农以为自己即将丧命，意识也逐渐陷入了迷糊，隐隐约约间，突然听到一声叹息的声音传来：“唉，为了人族之事，你受这样的苦已经不是一次两次了，到现在你的心中可有悔意？”
“为了族人，即使任何事情我依然不后悔。”神农在听闻到声音之后，虽然他无法开口说话，但还是用紧守的心神之念回答道。
“你这又是何苦，要是为了人族要让你放弃生命与灵魂你也不悔吗？”那个声音再次响起。
“即使放弃生命与灵魂，我也要完成我的梦想！”神农用自己最后唯一清醒的一丝意识回答道。
“诶！痴儿。”随后只见一个玄奥的身影出现在神农身旁，不是李玄还是谁，原来李玄在武殿算到自己的徒弟神农氏将有一难，于是马上赶来，这才有了刚才的一幕。
神农体内之毒便是让大罗金仙之流来处理的话那也是相当的棘手的，可是对于作为圣人来说并不是什么难事，更何况李玄身为草木之灵成圣，更善于炼丹，很快的李玄就排解了神农体内的毒性。
毒性一除，神农也没用多久就转醒了过来。神农清醒之后，一见自己的老师李玄圣人正在自己的身边，马上知道了是自己的老师救自己，不敢怠慢，马上俯首道：“不肖弟子神农多谢老师救命之恩。”
李玄扶起神农，满意的看着神农氏，淡淡道：“你很好，比我想象的做的还好！你既有此心，为师也不愿阻你，此也是你的功德。不过你虽然天赋异禀，而且还学了我的功法，可毕竟还是凡人之躯，很多药草对你来说却是剧毒。”
李玄随后拿出一鼎和一条色呈褐色，长有三尺六寸的神鞭给他，道：“此乃依据你名字命名的神农鼎和赭鞭，前者乃为师仿造先天灵宝乾坤鼎所制，赐你炼制丹药只用，后者乃是为师取先天乙木之精所炼成的宝物，可辨识万千草木，只要用此鞭打过便可知这种植物有毒无毒，却是方便你辨别百草。”
随后又一指神农，只见一道紫光没入神农眉心，道：“这乃是为师亿万年来的炼丹心得，希望你能将其发扬广大，造福万民，为师走了。”随后身行消失不见了。神农见到老师走了，不过还是想李玄消失的方向恭恭敬敬地扣了三个头，心中默默的道：“老师放心，神农一定不辜负您的期望。”
随后又经过数十年的辩尝，神农终于几乎将所有的草木都尝遍了，并且将这些都一一记录了下来，此时距离神农离开陈都已经七七四十九年了，于是神农准备返回陈都对自己尝百草得来的宝贵记录进行整理、编撰以及传播工作。！
神农自从回到陈都之后，就开始整理自己这些年来尝百草的认知，结合老师李玄赐予的炼丹经验，开始修编洪荒第一部医学著作：《神农本草经》。