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游戏背景1962
故事要从1962年说起，美国国防部和其下属高级计划署（DRAPA）秘密成立了一支特殊部队，名为“黑色守望”（Blackehunter有联系）。希望镇事件发生之后，黑光计划停止，黑色守望部队的最高宗旨被更改为“探查并消灭美国国土上的一切未知病毒活动，不论人为或自然原因”。
ElizabethGreene在次月被转往位于马里兰州迪崔克堡的黑色守望基地，并在那里产下一名男婴，黑色守望赋予其代号PARIAH（意为“贱民”，网上有人认为是Randall，但绝对不是），并将其从母亲身边带走（此孩子的命运暂且按下不表）。Greene在随后几十年中属于与外界完全隔离的情况。有证据显示，她在此期间没有成长发育，没有流汗，没有肌肉抽搐，甚至没有眨眼，处于完全静止的状态，好像在等待着什么。
1989
时间到了1989年，RaymondMcMullen博士（雷蒙德·麦克马伦即游戏中用枪自杀的眼镜男）创立了GENTEK，并成为了黑色守望的下属研究机构，他认为黑色守望短视，认不清DX－1118病毒的价值，于是重启黑光计划，并将ElizabethGreene转至GENTEK的研究中心，从她身上研究病毒的新进化品种。并在后来招募了“主角”AlexMercer，以及后来成为Alex女友的KarenParker（卡伦·帕克，即游戏中的金发OL）。之后，黑色守望发现GENTEK重启了禁忌的实验，意图弹压，此时的AlexMercer为了将这个对人类危害极大的秘密计划大白于天下，在KarenParker的协助下窃取了一小瓶病毒样本并逃离，却在车站遭遇了前来拦截的黑色守望便衣特工。走投无路的AlexMercer摔碎了瓶子释放了病毒，自己也被当场射杀。由于是在车站，当时就有许多市民被感染，曼哈顿的大规模疫情暴发也就此埋下了伏笔。
AlexMercer在车站被射杀的时候就已经身亡，接下来在停尸房醒过来的，大家一直在游戏中操控的东西基本不属于人类，它是破碎瓶中的病毒沾上Alex尸体之后对其外形及性格的继承，游戏标题“原型体”也指的是他。在游戏的某关，也可以听到将军的话：“不！已经不能用‘他‘来称呼！应该是‘它‘！”后来的电话中，也可以看到Alex和他的“合作者”的对话：“啊…你已经不是人类了，你是黑色守望者的病毒而已。”
至于前文提到ElizabethGreene等待的东西，即是“原型体”对她的释放，而Greene的台词"Iamyourmother."并不是指“原型体”是她生下的那个婴儿，而是指Alex的病毒来源于她。