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这个世界永远都不可能平静，不仅仅是联盟和邪恶组织，人类是占有欲望非常强的种族，人类花了不知道多少年的时间统治了这颗蔚蓝色的星球，但是他们并不满足，不断的侵占别的物种的生存空间扩大自己的居住领域。而且人类的脾性和欲望等等，有妄想称霸世界获得至高无上权利的，就像是现实世界，如果人类没有野心，何来秦始皇灭六国统一？又何来三国鼎立最终分分合合？
神奇宝贝的世界亦是如此，古代他们也经常战斗，利用科技和小精灵来达成他们的野心和欲望，为此可以为非作歹，甚至可以丧失人性。
当然还有一些收集癖好的家伙，以收集珍惜小精灵为目的的，这些只存在于远古和坊间的小精灵被称为传说中的小精灵。
神秘强大的小精灵不仅仅是训练家渴望收服的，还有其他各种职业的人所渴望的目标。
一个巨大的不像话的圆形飞行器环形在橘子群岛的亚细亚岛，这个飞行器就像是科幻电影中的太空堡垒一样，这个飞行器还是人工智能控制的，驾驶这么大的家伙只需要一个人。
坐在飞行器里的人就是上面所提到的一种人类，一个疯狂的收藏家，他驾驶着这台集合了人类顶级科技的飞行器来到南国岛屿橘子群岛的亚细亚岛就是为了收藏流传在亚细亚岛附近的一代三神鸟，和传说中的海之神洛基亚，这个可以不顾一切只管达到他的目的的的收藏家叫做——吉尔露太！
亚细亚岛附近有三座岛屿，三个岛屿上分别耸立着一座火山，一座雪山一座高耸入云的光秃秃的岩山，这三座各具特色的小岛围绕着亚细亚岛的主体大岛屿，只有亚细亚岛才有人居住，这里的土著人们世世代代的信仰着海之神。
这个大岛屿的海边有着一个巨大的石碑，这座年代久远的石碑上面刻着的远古文字恐怕只有那个时代的人才能够翻译出来，一直河马王背负着手臂站在石碑前看着石碑用人类的语言自言自语道，“火之神、雷之神、冰之神不可擅自触及，否则天地的愤怒将使世界走向毁灭，海之神只有当世界受到威胁的时候才会出现，但是也无力阻止世界的毁灭，只有传说中万神之主才能驾驭海之神一起平息神鸟的愤怒”
人工智能电脑上，吉尔露太的手飞速的敲击着键盘，飞行器的底盘底下伸出一排炮台，密密麻麻的向火山岛屿发射冷冻飞弹，冷冻飞弹威力非常大将整个火山岛屿一层一层的冰冻起来。
“轰”一道火焰冲天而起将冰冻融化，一只体型巨大全身燃烧着熊熊火焰的大鸟从火山岛屿中飞了出来，这赫然是传说中的火之神而且还是一代神鸟——火焰鸟！
火焰鸟不断的喷射着火焰打掉飞弹，顺便攻击飞行器，只是这结合了世界顶级科技所造成的飞行器会是那么容易就被击落的？
飞行器堡垒有发射出一连串通着高压电机的圆形捕捉器朝着火焰鸟追踪过来，虽然用高温的火焰融化了几个，但是在数量面前火焰鸟依旧于事无补，还是有两个捕捉器前后夹击将火焰鸟锁住。