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第1章水~天使！
“在地球的洪荒时代，天地精气孕集，阴阳交融，有名而自无名始，两仪生四象，四象生八卦……反正经过复杂到没人说得清楚的物理化学反应后，地球上开始生长生命之树，一级一级地产生各种各样的生物，扩散于地球的陆地、海洋与天空，使天地之间充满了生机。
终于有一天生命之树生长到了最顶点，阳气精华与阴气精华各自凝结成为Adam与Lilith，Adam是雄体而Lilith是雌体的最高形式生物。在他们‘禁断的融合’后Lilith产生了一个‘Lilith之卵’，从中进而产生了十八个使徒，其中十七个获得了生命之果。
不知是不是因为生命之树上生命之果只长着十七个，第十八使徒只能将就获得了智慧之果，不足以维持一个总形态，只能分化瓦解以不同的形态存在着，这就是——人类。
生命之树从此也不再存在，但生命之树中的‘光和水’，即能量与传输物质，构成了人类的灵魂。
最后生命之树只剩下一点点没烂掉的根须，成为后世所称的郎基奴斯长枪。
Adam、Lilith及二到十七号使徒均进入了休眠状态，而仍处蒙昧的人类则各奔前程，其中有一些智者还知道曾经发生过的事情，这些事情被作为传说写进了死海文书，或许还被写进了山海经也说不定……
时光飞驰，当年的第十八使徒——人类，足迹已经遍步地球，凭借智慧发展出高度发达的文明，并以世界的主人自居。
然而‘心的屏障’使人与人之间产生隔阂，心灵中充满冷漠与悲哀，孤寂感迫使人类开始寻找新的生存之道……
公元1947年，在约旦溪谷的洞窟中，一些吉普赛人偶然发现了死海文书，震惊了考古学界。
其破译工作持续了很多年，终于取得成功，其记载内容令人震惊，不但指出人类与使徒的起源，还指出将来某一时刻由Adam与Lilith所生的必将归还本体，重新生长出生命之树并产生新形态的生命体。
在这一过程中，人类和使徒，哪一方控制Adam是至关重要的，因为遗传因子都从Adam而出，所以Adam也称作第一使徒、最初的人。
控制Adam的一方回归Lilith之卵后，便可以成为新生命形态，或者说就是成为神，而失败的一方只有死亡，赢的一方尽管也得死但灵魂得到拯救，呵呵……
因此在这个约定时刻到来之前，使徒一定会苏醒来与人类为敌，人类要顺利完成回归就必须在此之前消灭全部使徒。
为此目的，秘密组织Seele成立了，它的德文意思是灵魂，以基路议长为首，制订了人类补完计划的剧本，或称时间表，其下属执行机构为GEHIRUN，以后改称为NERV。
Seele在全世界招收研究人员，其中有一名是在日本京都大学从事研究工作的女学生碇唯，在1999年她所写的研究报告引起了形而上生物学教授冬月的注意。
1999年，冬月与碇唯在京都大学相识，不久之后，六分仪源堂和冬月相识，当时源堂和唯已经在交往中，源堂一边接近唯，同时也一边接触她背后的组织Seele，他也进入了Seele组织成为第十三位成员，随着研究的深入，Seele在2000年向南极派遣了葛城考察队，但其中只有源度一人知道考察的最终目的……
2000年9月13日，第二次浩劫发生，在南极大陆上发生了一起给地球带来巨大浩劫的异变，造成海面水位上升、地轴扭曲，如同恐龙灭绝的传说，巨大的陨石撞击地球之后灰尘遮盖天空，造成全球性气温下降，经济崩坏、民族纷争、内战……世界人口急速减少，只剩下原来的一半，南极，成为了宁静的残亡地域，人类，并未象恐龙那样灭绝，但复兴的工作，却无比严峻。
2001年，林游诞生，并且，所有EVA的驾驶员亦在这一年出生。
2002年，源堂和冬月为了调查第二次浩劫的起因前往南极，国联正式发表公告，称2000年9月13日的世界规模的大灾害，是由于有超光速数倍的大质量陨石，冲击南极大陆所引致，其破害性相当于40亿年前的地球与小行星的撞击，但对于造成第二次浩劫的原因，却无人知晓，现实毕竟难以掩盖，在专家圈内，流传着一些保留下来的照片，在冲击造成的光影中，有一个巨人般的影像，也有在南极等地的幸存者称，在冲击波浪的中心，有数对巨大的翅膀，因第二次浩劫受到惊吓而陷入自闭状态的美里，被国联保护。
2003年，国联完成了对南极的调查，根据调查结果设立了位于箱根的人工进化研究所，冬月首次探访人工进化研究所，之后开始协助源堂，在人工进化研究所的地下有个广大的球形巨大空洞，而NERV本部就利用这个空洞而建造，此时，E计划始动，零号机也开始建造了。
2004年，进行了EVA启动实验，在幼小的真嗣面前，发生了事故，真嗣的母亲唯在实验中消失，拯救计划失败，自从唯的事件以后，没多久，源堂决定转移实行。
2005年，美里和律子在长野县第2新东京市的第2东京大学内相识，之后加持和美里相识，没多久，加持和美里开始同居，在地下空洞的上方，第3新东京市开始建设。
2007年，美里和加持分手。
2008年，赤木博士完成了MAGI的基础理论，跟随着母亲尚子，律子加入研究所，成为主要执行人。
2009年，葛城美里加入研究所。
2010年，NERV的中枢电脑MAGI完成的当日，开发者赤木尚子在掐死第一个绫波丽后自杀，人工进化研究所经过改编，成为了新的秘密组织NERV。
2012年，在参拜母亲的陵墓时，真嗣在其父的面前逃离出走。
2014年，第二个绫波丽转学进入第3新东京市地壹中学校内。
2015年，使徒袭来……”
“任务世界：新世纪福音战士。”
“世界等级：s级。”
“类型：战斗、系统。”
“痛觉削弱度：0%。”
“个人能力强化度：0%。”
“目前场景探索度：0.01%。”
“提示：目前世界为s级世界，无法使用超过s级的能力。”
“提示：目前世界为系统世界，宿主将代替原主角进行任务。”
“世界任务：消灭来袭使徒。”
“世界任务完成后将返回现实世界进行评价及奖励结算。”
……
系统提示落下，林游也是出现在一处无人的街道上。
只是下一刻，大地震动，前方空中出现了大批日本战机，接着，一个巨大的生物出现了。
“轰！！！！”
随后，一道耀眼的光芒从地平线升起，伴随惊天的巨响，方圆数百里全被摧毁，无数的碎石飞向林游，又忽然在他面前落下，对他没有造成任何伤害。
“N2地雷吗……”林游嘀咕了一句，身形就是消失在原地。
……
NERV地下总部，一群穿着军装的指挥官坐在椅上，面前巨大的屏幕被白光笼罩，看不清画面。
“成功了，看来用不到你们出场了。”一名军官回过头，对坐席上面的碇源渡嘲笑道。
“哼！”碇源渡嘴角露出一丝冷笑，双手交叉拄着下巴，目光盯着屏幕。
屏幕渐渐恢复了影像，烈火站着一个怪物，外形如同一个巨人，只不过没有头部，双手和双腿细长，上半身顶端长着一张鸟脸，胸前是巨大的红色圆球，散发着神秘的光泽。
水天使出现！
“哗！”
水天使上半身的鸟脸突然掀开，露出一个孔洞，一张新的脸出现，眼珠闪动着红光，甚是恐怖。
“这怎么可能！”
“我们的王牌怎么会……”
“可恶！”
正在欢呼庆祝的将领们，看着屏幕在N2地雷轰炸后，快速回复伤势的水天使，全都呆住了，不少人额头渗出冷汗。
“不愧是水天使，了不起的恢复能力。”NERV副司令冬月耕造站在碇源渡身旁，赞叹一句。
“作为完全形态的单体生物，这是必然的！”碇源渡平静的说道。
“因为吃了生命果实吗。”冬月耕造微微眯眼。
“是啊！为了毁灭吃过智慧果实的我们！”碇源渡沉声道。
“接下来交给你们吧！你们一定会胜利的吧？”一名将领颓废的站起身，对碇源渡说道。
“请诸位放心！EVA就是为了消灭使徒而存在的！”碇源渡平静的说道。
“初号机还没有驾驶员，零号机的驾驶员……”冬月耕造目光闪烁，盯着碇源渡。
“初号机驾驶员已经找到了！”碇源渡嘴角露出一丝微笑，已然胜券在握。
“报告！”
只是就在这时，指挥室突然闯进一个身穿红色夹克的青年女子，女子美丽的脸颊流下细汗，眼露出焦急之色。
“葛城二尉，怎么了？”看到气喘吁吁的女子，冬月耕造皱眉问道。
“林游不见……你们看屏幕上面！”女子来到碇源渡身旁，话说到一般，就是惊讶的指向面前的屏幕道。
“嗯？”
众人疑惑的将目光放到屏幕上，随后都是愣住了。
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