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解决了刘显这个烦人的家伙，慕容垂终于可以专心清理各处的叛将了。
但他这种最低级的镇压，并不能清除根源，只能解一时之苦，但一处平息，另一处重新冒泡，这是最大的问题。
花甲之年的慕容垂，折腾了一辈子，可说身心俱疲，已没有精力在国内进行深度整顿了，英雄暮年，无奈是必然的。
此时的后燕，起兵叛乱的人数不胜数，当然绝大部分都是小打小闹，过不了多久便被扑灭，真正有严重威胁的还属丁零部落。
翟辽骗取东晋城池之后，带领部众在晋燕边境大肆掠夺资源，成了两国的祸患，东晋无心理会，只是做好防守的姿态，兵来将挡、水来土掩，但慕容垂终于不能容忍这么大一颗沙子在眼睛里久而不去。
387年5月，高平的变民首领翟畅，生擒郡长，连同城池，一起献给翟辽，翟辽的部众越发壮大。
慕容垂对将领们说：“翟辽起初不过是盘踞一个城池，如今竟然在三个国家之间反反复复，跳来跳去，渐渐形成规模，不可以不铲除！”
将领们都表示支持，慕容垂于是让章武王慕容宙担任全国各军区总司令，辅佐太子慕容宝，留守中山，他则亲率各将领南下讨伐翟辽。
因为太原王慕容楷担任南征军的前锋司令官，而翟辽的部众多是燕赵子弟，听说慕容恪的儿子前来，居然不战而降，纷纷前往投奔，翟辽大为恐慌，赶紧派使者请求投降。
慕容垂不费一兵不卒，便降服了这个大恶人，心情十分愉快，任命翟辽为徐州州长，封河南公，然后率推进到黎阳，处理完招降事宜才班师回京。
就在翟辽请降之时，井陉变民贾鲍，招引北山丁零部落的翟遥等人，聚众五千多人，趁夜突袭中山，并成功攻陷外城。
这些人当然是想抓住慕容垂不在京城的机会，搞不好就偷袭成功了。
但章武王慕容宙也不是好惹的，设奇兵悄悄绕至城外，与慕容宝内外夹击，大破丁零部落，只有翟遥、贾鲍等首领落荒逃走。
后燕的民众仿佛是商量好了一样，南北交替起事，南方刚平定，北方便冒烟，北方才安定下来，南方又出乱子。
10月，大批变民涌现，并派使节联络翟辽一同起事，刚投降还没半年的翟辽，于是再度叛变，派出军队与变民相结合，在清河、平原二郡，大肆抢劫烧杀。
潇洒了几个月后，翟辽唯恐再遭镇压，于是派军政官前往后燕国都道歉，请求处分，慕容垂认为他反复无常，下令斩杀使节，断绝一切关系。
388年2月，找不着组织的翟辽，终于下定决心自己建立一个组织，自称魏天王，改年号为建光，并设立文武百官，不久迁都滑台，与中原几大势力争雄。
接下来将近一年的时间，慕容垂并没有顾及到翟辽的伪政权，因为国内的叛乱实在太多了，完全疲于应付，太监吴深作乱已久，迟迟不能平定，新起事的变民更是如雨后的苔藓一般疯狂地滋长，将领们基本上无法分心他顾。
389年正月，镇守龙城已达五年的后燕辽西王慕容农，几年来政绩显著，人事和睦，得知南部诸郡县的混乱形势，上疏说道：“我当初因为讨伐叛逆，行军到此，奉命坐镇，统御的战士安享清福，已有数年，而青徐荆雍四州各处残留下来的盗贼，还有相当的数目，盼望早日派人前来接管我的职位，让我回去竭尽能力报效国家，使我在世时不遗余力，死时不留遗憾。”
慕容垂这才想到还有这么个能干的儿子，于是征召慕容农进京，担任高级咨询官、京畿卫戍总司令，改任高阳王慕容隆为幽平军区司令长官、征北大将军、幽州州长，接替慕容农的职务。
不过慕容隆的才华不及慕容农，慕容垂特意下诏在龙城设立留守朝廷，让慕容隆主管留守朝廷机要，又让护军将军平幼为征北将军府秘书长，散骑侍从官封孚为军政官，兼任留守朝廷行政官，一起辅佐慕容隆。
慕容隆到任后，严格遵循慕容农已经制定好的法令规章，只稍加以修订扩充，辽碣地区平静如初。
而南下的慕容农，并没有立刻创造成绩，充其量也不过做着和慕容隆同样的工作。
但他们起码都好好地活着，这才是最大的资本，一死百了，可是什么事都做不成的。
慕容垂的侄子、乐浪王慕容温，曾在中山颇多建树，此时担任冀州督导官，与翟辽等人遥遥相望，双方不时爆发冲突，后来翟辽意识到这不是办法，便想出一个绝妙的点子。
本年10月，翟辽模仿起周瑜打黄盖的那一套，公然宣布处罚部属故堤，故堤于是明目张胆地投奔冀州，声称愿做向导讨伐翟辽。
慕容温正愁怎么除掉这个大麻烦，也不加认真分辨，对故堤十分信任，结果就在当天，故堤便摸进了慕容温的卧室，将其刺死，然后带着亲信狂奔而去，半路上碰到了慕容温的秘书长司马驱，再杀一人。
事情进展顺利，故堤按照计划，并没有逃回滑台，而是投奔西燕，想以此转移后燕的注意力。
一行人奔至襄国，辽西王慕容农终于出手了，将几百个叛贼拦腰截住，除了故堤提前逃跑以外，其他人全部生擒。
手刃指挥官还能全身而退，故堤也算得上是奇人了，但他在历史上的戏份也就此终结。
太监吴深不久后也被同伙砍下脑袋，送往中山领赏。
但后燕国内的叛乱却远没停歇，南北各地总有些奇奇怪怪的人物以奇奇怪怪的名义起兵兴乱，慕容家族才人辈出，却也对此无计可施。
长期的混战直接导致人民流离失所，耕地面积缩小，国内饿荒严重，人民困苦，生活艰难。而穷困潦倒的生活，又直接导致了各地变民揭竿而起，引发更为激烈的冲突。
这是个恶性循环，将一直持续到后燕的灭亡，堪称悲剧。