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风影留在木叶做客的消息很快传遍整个村子，其他国家的间谍也将情报传回自己的国家。
第二次忍界大战是由山椒鱼半藏发起的，一人对三大隐村木叶村，砂隐村，岩隐村宣战。
当前的忍界形势，木叶35年4月，铁之国大将三船被雨隐村山椒鱼半藏打败。
木叶35年9月，与砂隐村战平，雨隐与砂隐交战，战场上山椒鱼半藏所释放的毒全都被千代破解，还被千代发现了山椒鱼填补毒气需要五分钟的缺点，这让半藏感到十分头疼，因此，半藏称呼千代是“傀儡老太婆”，千代称呼半藏是“戴通气管的老头”，谁都奈何不了谁。
木叶35年12月，雨隐与木叶隐村交战，战场上半藏通灵出山椒鱼井伏释放大范围毒物令，木叶隐村的大量忍者倒下，最后战场上仅剩下自来也、纲手、大蛇丸三人仍在坚持，半藏非常赏识他们，因此赋予他们“木叶三忍”的名号。
这场战争结束后，许多忍者与居民流离于饿死的边缘，木叶隐村的两名上忍为了搜刮食物资源，进入长门的家中杀死了长门的父母，导致长门轮回眼力量暴走杀死了这两位木叶上忍。
之后长门与同样在这场战争中成为孤儿的弥彦和小南相遇，三人靠偷窃维持生存，后来他们遇到尚未回国的木叶三忍，自来也决定留在雨隐收三人为徒。
木叶36年8月，砂忍又对木叶宣战，旗木朔茂成为对战砂忍的总指挥，后来砂隐村千代制作的毒全都被木叶隐村的纲手破解，也让千代感到十分感到棘手，直到木叶38年11月，三代风影因为羽鹤这支小蝴蝶煽动翅膀，被宇智波十人众活捉，砂忍被木叶打败，战损五千名忍者，现在正是最虚弱的时候，已经无力对他国掀起战争，还要防备偷袭，所以提前出局。
原本这场战争，蝎的父母应该被旗木朔茂所杀的，可是羽鹤带来的蝴蝶效应却让蝎的父母免于生死大劫，纲手的恋人加藤断也丧命于此场战役，发现尸体时内脏被掏空。给纲手的心灵留下了极大的创伤，这也导致了后来纲手患上了恐血症。
木叶37年，雨隐村的山椒鱼半藏带领雨忍还在顽强的和岩隐村交战。
同年，木叶隐村部队被雨隐半藏逼到仅剩三忍的绝境，其余在场的木叶隐村忍者全部阵亡，木叶三忍与半藏一战，拿他也没有办法，双方僵持不下，大蛇丸驻守北面防线，遭到岩隐偷袭，岩隐村也向木叶隐村宣战。
木叶37年4月，水之国雾隐村三代水影派出一支五百人的队伍入侵火之国，木叶忍者和雾隐村忍者小打小闹，没有让战争升级到大战。
雷之国云隐村，在木叶34年，第二次忍界大战爆发前期，云隐忍者制造了忍者学校的爆炸惨案，加藤断的妹妹就死在这次爆炸中，混乱中云隐派人偷偷掳走漩涡玖辛奈，目的是让漩涡玖辛奈成为八尾的容器，好在木叶忍者及时发现，波风水门救回了漩涡玖辛奈，月光下两人定情。
因为尾兽八尾牛鬼暴走，给村子造成大破坏，最终被三代雷影艾压制，云隐村也没有参与战争，是战力保存最完整的国家，为后来第三次忍界大战打下基础。
木叶36年，木叶三忍之一的自来也在雨之国收的三个弟子，弥彦，长门，小南，正在教导中，弥彦和小南都是孤儿，值得一提的是，木叶忍者在雨之国内搜刮民财，长门的父亲被木叶隐村的一队忍者小队误当成敌对忍者杀害，随后杀害了长门的母亲。
而长门姓漩涡，全名叫漩涡长门，母亲是漩涡一族后裔，父亲也是涡之国人，几年前逃难到雨之国的。
曾经火之国最铁的盟友国涡之国，存活的遗民在雨之国被木叶忍者杀死，真的很讽刺。
三代风影和砂隐使团住在木叶招待所，被旗木朔茂和暗部监视着，为了恶心猿飞日斩，三代风影在木叶村里吃饭、泡温泉从不给钱。
宇智波族地，迈特戴和他的妻儿都住进了宇智波族內，这也是宇智波接纳的第一位村内忍者入住宇智波族地。
迈特戴在对战砂忍中也是相当耀眼，并且获得四百多万两收入，羽鹤是他的恩人，宇智波正宗和宇智波玄宗两人找到他，邀请迈特戴做二百多个宇智波少年的体术总教头时，他毫不犹豫就答应了。
不是因为宇智波豪门在村子内的地位，而是他想报答宇智波羽鹤的知遇之恩。
与砂忍的一战中，宇智波上忍死掉7人，其中五人都是三勾玉写轮眼，族长决定扣出一双三勾玉写轮眼移植给迈特戴，将他彻底绑上宇智波的大船，迈特戴拿不定主意，于是来问羽鹤，羽鹤告诉他换上三勾玉写轮眼他的实力会更上一个层次，虽然写轮眼会有排斥反应，不停消耗他的查克拉，总体来说还是利大于弊的。
迈特戴最终下定决心，换上写轮眼，让外人换上族內的写轮眼，在族內受到争议，五名宇智波长老中有两位反对，族长宇智波冢强势驳回，并通告全族，要将迈特戴当做族人看待。
正真让族长宇智波冢决定给迈特戴换眼的是宇智波鸣，他将自己觉醒万花筒写轮眼的事情告诉族长，族长很意外，因为他知道开启万花筒写轮眼的过程是痛彻心扉的，于是问起宇智波鸣是怎样开眼的，宇智波鸣如实回答，把羽鹤诈死的经过说了出来，最后，宇智波冢夸赞道：“你生了个好儿子！”
宇智波鸣说：“羽鹤是很不一样的孩子。”
话语间是对儿子羽鹤的骄傲和期望。
迈特戴被换上写轮眼的事情传到了三代火影猿飞日斩和志村团藏的耳中，两人无比惊讶，宇智波将迈特戴收入族群，也就算了，居然还给他换上写轮眼。为什么要对他怎么好，是猿飞日斩和志村团藏不明白的事情。