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暗部是直属于现任火影管理的组织，随着木叶火影的更迭，管理者也一直在随之变化，所以暗部的直接领导者是火影这个职位，而不是某一任的火影，比如在三代退位给四代后，卡卡西等暗部就直接受四代火影波风水门管理，三代就丧失了对暗部的管理权限，但也因此，暗部的成员在身份方面对木叶的高层并没有隐秘可言，在行动中多少都会有所制约。
根从创立到结束，管理者一直是团藏一人，而且里面很多成员都是从幼年开始进行封闭式培养，这些人的资料团藏并没有与木叶高层公开，完全自己一人掌握，这也导致没有人能在团藏不情愿地情况下接手根部，甚至在宇智波灭族后，三代责令团藏解除根，也只是一个没有任何实质作用的命令，根名亡存实。
对木叶的一些高层或者朋友间并没有秘密可言，这使他们在执行任务过程中，面具有时候形同虚设，对于一些比较见不得光的任务，顾及很多，有时候不能彻底地完成任务。
而根的存在很大程度上弥补了这方面的问题，在三代和团藏掌权期间，形成了一个光与暗的微妙平衡，根在团藏的授意下，做了许多三代想做而不能做的事情，而且不用担心事情败露或者败露后牵扯到自己，所以虽说根提高了团藏与自己抗衡的能力，但同时，三代也从中获利不少，这也是三代一直没有彻底取缔根这个组织的原因。
还有一层原因对志村团藏这个老友的愧疚，志村团藏利用这一点无法无天。
“团藏，这个是不是你做的！！”火影办公室猿飞日斩对着志村团藏怒吼得。
一条消息卷轴上赫然写着几位年老的平民高层的身死，手法干净利落，虽然没有实力，但是在平民中，有很大的声望，这些都是二代火影千手扉间留下的老干部了。
“日斩，他们就是一群倚老卖老的握着权力不放的蛀虫，他们会影响木叶的发展，这是为了木叶！”志村团藏不甘示弱的回应道。
听到这话猿飞日斩沉默了，他又何尝不知道啊，哎，只能妥协，毕竟志村团藏可是他的好友。
见猿飞日斩不说话志村团藏提出了根部握孤儿院的权利。
“不可能！”猿飞日斩一口回绝，自从知道志村团藏的残酷的训练方式，猿飞日斩还是有些抵触的。
这些都是平民忍者儿子，他们在战场上为物业贡献了的生命，到头来儿子还要做木叶的杀戮机器。
“日斩，现在根部才刚刚建立，还很差人手。”志村团藏试图让猿飞日斩松口。
“唉！我可以允许你，招募大家族的旁系子弟，千手不能动。”猿飞日斩妥协了。
根组织比暗部隐藏得更深，所做的事也更加见不得光。因得到三代目火影·猿飞日斩的默许而长期存在。团藏和根成为了木叶最直接有效的利剑，以“宁错杀，不放过”的姿态铲除村内外一切威胁。
这让猿飞日斩在短短几个月内，掌握木叶大权，开始实行各种政策。
团藏为了实现自己对忍者的理想，所以成立了暗部养成部门。这个组织位于木叶的影子底下，将树根深深扎进黑暗里，最大的目的就是在暗中消灭会妨碍村子繁荣的障碍。为此，他们执行任务时不择手段，这正象征着团藏的“忍之黑暗”，是一个无情且残酷的组织。
由于猿飞日斩在继任火影后没能延续二代目火影·千手扉间冶理宇智波一族的基本方针，导致让志村团藏背负起了村子的黑暗，团藏由此获得以暗部培训部的名义成立了隶属于自己的独立组织“根”的权利。
的队员是由团藏直接招募，他选择的对象是具有特殊能力的人，以及心中有黑暗的人等等......队员需要接受“消灭自我“的训练，为了守密，也会对他们施加咒印，段藏彻底将他们培养成执行任务的棋子。所谓“根”之人，没有名字、亦无感情。没有过去，无未来。心中只有任务，在背后支撑起木叶村这棵大树的是深扎于大地之中的……我等“根”的意志。。
《舌祸根绝之印》木叶暗部“根”专用的封印术，团藏对根成员的舌头上加上咒印，被施术的人要是说了任何有关他的事，就会全身麻痹，既说不了话，也动弹不得。团藏此用来束缚自己部下，让他们不能说出有关自己的秘密。
日斩是阳光下永远温暖的火影，团藏是黑暗中杀伐果决的根。