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葛尔丹很狡猾，面对他自己的失败，他竟玩起了两面派的计俩。
他一面组织自己的散兵游勇悄悄地往北撤退，一面同清兵玩起了缓兵之计，假惺惺地派使者到清军兵营请罪。使者一到清兵营地，见了统率福全，就掏出随身带的一封信。统帅福全拿过来看到，只见信上说：“尊敬的统帅，我们的大汗葛尔丹对佛发誓，保证不再侵犯喀尔喀。”
福全其人面慈手软，信以为真，说：“葛尔丹的誓言很重，只要他信守诺言，我可以下令叫各路兵马停止进击。”使者听了福全的承诺，心里暗喜，葛尔丹大汗的计谋成功了！
使者满心欢喜地回去复命去了。
见多识广的大将费扬古似乎悟到了什么，他提醒统帅福全：“大帅，小心中了葛尔丹的奸计！”
“不会的。”福全不以为然地说。
直到侦察兵报告说：“报告大帅，葛尔丹的兵营已空了。”
福全这才知道上了当，他跺脚后悔，但是悔之晚矣，其时葛尔丹已经走远了。就这样让葛尔丹逃脱了。
福全向康熙检讨自己的大意，终使奸贼溜之大吉。“我这是放虎归山哪。”福全痛心地对康熙说。
康熙派人送来旨意：“现在的问题不是追究谁对谁错的问题，必须尽快查出葛尔丹的行踪，只要他不去西藏找靠山，一切都来得及补救。”
“他若真去西藏，那就麻烦了。”大将费扬古说道。他也后悔，不该不坚持自己的意见，致使统帅铸成大错。
福全和费扬古去了一趟京城，他们面见康熙皇帝。福全匍匐在地，向康熙请罪：
“皇上，由于臣的疏忽，才造成这个结果，请您降罪处置我吧。”福全很惭愧，自觉无颜面见皇上。
康熙是个胸怀坦荡的皇帝，他安慰福全：“你也不要太自责了，你带领军队大破葛尔丹的骆驼阵，打得葛尔丹溃不成军，立了一大功。你是有功的。你派人尽快查出葛尔丹的行踪，只要他不同藏军汇合，还是有可能抓住他的。”
福全和费扬古感谢皇上的宽宏大量，他们向康熙保证：
“请皇上放心，我等一定查出葛尔丹的行踪，使皇上这样辛劳，臣等万死不能辞咎！”
福全派出侦察兵，万般侦察葛尔丹的行踪。侦察兵最后得知葛尔丹的行踪，葛尔丹回到漠北的老巢了。
“葛尔丹在干什么呢？”福全问侦察兵道。
“据我们千方侦察，葛尔丹一逃回漠北，就着手收集残部，并且招兵买马，扩充实力。准备东山再起。”侦查员说道。
福全听到葛尔丹还想再来，就捻着胡子笑着说：“葛尔丹是个不怕失败的犟种，上次他的兵受到重创，我看他能掀起多大的浪来？”
“王爷，虽然如此，我们还需小心为好。他有没有跟沙俄进行交易？”站在一旁的费扬古问道。
谁知侦查员报告说：“有，据可靠消息，他派人去沙俄那里哭诉，请求沙俄继续支持他。”
“这个大鼻子沙俄，唯恐天下不乱。”福全骂道。这个沙俄谁背叛祖国，他就支持谁。
“结果怎么样？”费扬古问道。
“真像王爷说的，沙俄一看葛尔丹反抗政府的态度坚决，就又给了他很多的援助，让他继续捣乱。”侦查员汇报说。
福全一看这一情况很重要，就上报了康熙皇帝。
康熙皇帝看了前方的战报，慢慢地说：“葛尔丹是草原的枭雄，依朕看来，如果葛尔丹能安分守己，吸取教训，服从朝廷政令，就不一定要对他用武力。朕经过这次御驾亲征，体会到了在塞外用兵的艰难困苦。”
康熙皇帝对葛尔丹是仁慈的，多次派人把去通知葛尔丹，叫他来会盟，参加喀尔喀与内蒙古的会盟，服从朝廷政令。
但是，仗着有沙俄做靠山，葛尔丹断然拒绝朝廷的好意，甚至派人挑拨漠南的王公，叫他们起来背叛清朝。
康熙开始了调兵遣将，旨在草原地区孤立葛尔丹，使他失道寡助。康熙征调内蒙古及喀尔喀的兵丁协同清军守卫境界，防止葛尔丹的再次入侵。
再者康熙皇帝还秘密派人前往葛尔丹的老巢漠西地区，旨在分化葛尔丹的力量，并截断葛尔丹同西藏、青海的联系。
康熙还派人同沙俄交涉，要求沙俄停止对葛尔丹的支持，并同清廷合作。
但是葛尔丹的行径叫和平解决草原争端的康熙皇帝忍无可忍。
康熙三十一年（1692年），葛尔丹秘密派人到科尔沁部游说，唆使科尔沁部判清，并且把康熙秘密到漠西活动的使者，抓住杀死。
康熙皇帝为之震怒。
但是，沙俄对葛尔丹的支持不但没停止，而且变本加厉。沙俄竟然援助葛尔丹1000名火枪手和车装大炮。
有了沙俄的鼎力支持，经过数年的休养生息，葛尔丹又嚣张起来。在康熙三十四年（1695年），葛尔丹又一次发动了叛乱。
葛尔丹率兵三万余众，从老巢科布多东进，抢掠草原各部的人畜。一封封告急文书从草原飞往北京。
清廷得知葛尔丹东进的消息后，在全国范围内进行大规模的战争准备。康熙皇帝决定御驾亲征。
他对大臣们说：“朕深知在塞北作战的艰苦，上次亲征，只有费扬古赞成，结果是压制了叛匪的气焰，现在葛尔丹又卷土重来，对付他的办法还是给他个下马威。”
随后，康熙决定兵分三路进军：中路军由康熙亲自率领，由在京城的八旗兵为骨干，又调盛京、宁古塔、黑龙江、宣花府、古北口的满八旗和绿营兵及喀尔喀蒙古军宫万人。从北京出发，越过大漠，与葛尔丹正面接触。
西路军由安北将军费扬古率领，抽调甘肃、陕西、宁夏、内蒙古中西部地区的5万多人组成西路军，从宁夏和归化出发，争取截断葛尔丹的退路。
东路军由黑龙江将军萨布素率领，率盛京、乌拉、黑龙江和内蒙古东部地区的1万多人，进驻克鲁伦河的下游地区，防止葛尔丹进入东部草原地区和兴安岭地区。
因为这是长途奔袭，康熙皇帝特地嘱咐，每人要携带80天的口粮，每人要带4匹马，和一个马夫。
清军开始了剿灭葛尔丹的征程。
清军中路军在康熙的指挥下，浩浩荡荡地从京城出发，边搜索葛尔丹，边前进。
康熙的中路军越过大漠，抵达科图时，遇到了葛尔丹军的前锋。这时候，东路军和西路军都没有到达。中路军有被葛尔丹军包围的危险。
这时候，随行的大臣都害怕，特别是听说葛尔丹军配备有沙俄的洋枪洋炮时，有人劝康熙：“皇上，这里太危险了，咱们还是回去吧。”
康熙皇帝很镇静，他怒斥那些胆小鬼：“朕这次出征，没有遇到叛贼就退兵，怎么向天下人交代？再说，中路军一退，叛军将全力对付西路军，西路军不是很危险吗？必须继续向前进军！”
康熙皇帝的中路军进入预定的作战地区后，葛尔丹看见康熙大军的帐篷错落有致，驻扎的很得体。葛尔丹感叹了一声：“康熙很懂治军之道啊。”因此葛尔丹心虚了，不敢和康熙正面交锋，连夜拔营撤退。
康熙皇帝估计西路军已抵达预定地点，康熙皇帝下令中路军单独向葛尔丹军发起攻击。
同时，为了给西路军争取时间，康熙皇帝派使者到葛尔丹军营，告知他康熙皇帝已经到此，并释放了以前被俘的葛尔丹军。这对于葛尔丹相当于进行了恩威并施的教育。
经过一阵准备，清军完成了战斗队列，康熙皇帝骑在马上，行进在队列前进行巡视。
狡猾的葛尔丹命令部队向西转移，于是葛尔丹从清军的视线里消失了。
清军一时找不到葛尔丹的踪影，康熙下令全军追击。康熙命内大臣马思哈为“平北大将军”，率一支精骑队伍继续追击葛尔丹，中路军准备返回。
找到葛尔丹的是大将费扬古。6越22日，费扬古率西路军1万4千人经过艰难行军，进抵昭莫多，并在特勒尔济山口发现葛尔丹军的行踪。
当时西路军按照康熙的旨意，边搜索边前进，经过长途跋涉，这时候士兵疲劳困顿，战马无力驰骋进行战斗。只得守着葛尔丹，费扬古只好命令他的军队在距昭莫多依稀15里的树林里扎营。
当时费扬古的军队扎营很有趣，是围绕着葛尔丹军扎的营。另外，费扬古率领步骑兵凭山丘列阵于葛尔丹军外面。所有的清军在费扬古的指挥下，埋伏于葛尔丹军外面。所有的阵势都已列完，费扬古叫一部分兵力，去引诱葛尔丹军前来。