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所谓第二阶段，也就是经过剧烈的小行星撞击，达到改变火星轨道的预期目标后，剩下的小行星依旧要让它们落到火星上，但其中那些大型小行星，又不能让它们直接砸在火星上，不然，它们撞击火星产生的热量直接将火星变成一颗燃烧的熔岩星球，那样的话，等火星自然冷却，搞不好得等上几万乃至几十万年，地球诞生早期就经历过这么一遭，貌似花了几亿年才得以冷却。
如何让这些大个的小行星落在火星上又不用猛烈的撞击？
方案早就已经演算妥当，第一步，先让火星的引力将这些小行星捕获，成为火星的卫星；第二步，对这些小行星进行破碎，变成小块小块的，再落入火星。
至于具体方式，逐星者号上可以破碎小行星的手段也不少，高能粒子炮、采矿船的震波等破碎设备，即便已经使用逐星者号上的组件新装配了五艘采矿船，面对数量庞大的小行星依旧是杯水车薪，要快速地完成小行星破碎的工程，必须得使用其他手段。
肖瑞又用上了与改造火星同样的手段——撞击，推动已经成为火星卫星的小行星相互撞击，达到破碎的目的。
看似简单原始的方式，用到这里所要求的技术依旧很高，必须得清楚地知道每颗小行星的内部的构造、质地，还得计算撞击轨道，避免出现小行星因为引力相互粘结，形成更大的小行星，落到火星上，直接把火星砸成一个窝窝头形状。
最佳的方案就是推动一些主要由金属构成的小行星撞击那些岩石小行星，事实也证明这样做的效果不错，一颗锤子小行星可以粉碎多颗岩石小行星，自身损伤不大，反而会在撞击过程中得到锤炼，各种金属融合变成极其坚硬的合金，这一类小行星肖瑞将其称为锤子小行星。
十多颗大大小小的锤子小行星在采矿飞船的推动下，围绕火星飞快地公转，将一颗颗岩石小行星撞得七零八碎，效率极高。
此外，为了破碎一些难以通过撞击破碎的小行星，太空工厂兼实验室专门建造了一门用于破碎小行星的武器——小行星破碎炮。其实也就是一门电磁炮，通过电磁场产生的洛伦兹力对金属炮弹进行加速，瞬间达到极为惊人的速度，通过炮弹具备的巨大动能产生破坏力，要说电磁炮的技术含量也不高，地球上一些国家也已经造出，主要是这玩意对材料的要求高，使用超导材料提高电能的转化率，而且造得越大，威力也越大。
其实，现在太空工厂已经可以制造粒子炮、震波武器，不过，这两种武器的技术要求高，制造需要的时间太长，破碎小行星的工期较紧，于是肖瑞选择建造电磁炮。之所以称之为小行星破碎炮，原因主要还在于炮弹上，金属炮弹内部包裹了一些冰块，射入小行星内部后炮弹爆炸，冰块受热汽化膨胀，炸碎小行星，不然的话，单纯的电磁炮可以穿透小行星，却不能达到破碎的效果。
为了足以破碎一些大型的小行星，这一门小行星破碎炮造得相当巨大，光是两条导轨就有五公里长，因为工期紧，为了便于调整炮口，这门超级大炮就建在太空工厂兼实验室上。
太空工厂兼实验室此时已经初具规模，仿佛一个有生命的金属构造，啃食着其所在的小行星，将原本长条状的小行星向着规整的球形转变，表面上可以看到一些形态各异的机械人蚂蚁一般忙碌着，工厂一侧的小行星破碎炮的导轨上，每隔一段时间冒出一道电光，随即一颗数吨重的炮弹激射而出。
小行星破碎炮的轰击、锤子小行星的撞击，加上采矿船的破碎作业，一颗颗小行星粉碎成较小的碎块，坠落火星，由此形成密集的流星雨，浑浊的火星大气中一颗颗燃烧的陨石，散放色彩各异的火光，又有一些在半空中直接爆裂，蔚为壮观。
这样接连不断的陨石坠落，摩擦大气产生的热量让火星整体的温度一直维持一个较高的水平，水份基本都是以水蒸气的形态存在，只有少数温度较低的峡谷、洞穴汇集少量的液态水。此时，火星的大气缓慢地运动，一个个漩涡分布，浑浊而粘稠，混杂了大量的水蒸气、小行星撞击、坠落产生的粉尘，以及大量来自火星内部成份复杂的各种气体，其中氮气、二氧化碳、二氧化硫、甲烷占较大的比例。
由此可以看出火星内部同样进行着剧烈的变化，小行星撞击产生的撞击力，传导到火星内部，并不会消失，而是像声波一样，在火星内部继续传递、回荡，因为小行星的撞击角度都经过演算，撞击力的方向基本一致，可以简单地分作两股力量，其中一股是正对火星的核心，让火星核心的压力增大，转化为热量，导致火星内部的温度升高，要知道，数十亿年前的某次撞击扰乱了火星核心的构造，使得火星的一部分熔岩冷却，阻碍了火星地核的运转，火星磁场消失。
数十亿年以来，火星本身就在自我恢复，但是，缺乏外来力量，这个速度很慢，此时，小行星撞击产生的巨大压力逐步推高火星内部的温度，当达到3000度以上的高温，那些凝固了数十亿年的岩石开始熔化。
同时，另一股力正绕着火星横向传递，推动火星自转，也推动火星内部的岩浆向着一个方向冲击，火星内核这部停摆了数十亿年的老机器，正在消磨其中锈蚀的部件，艰难地开始重新运转。
火星内部的变化伴随着各种化学反应，由此产生大量的气体，当压力增大到一定程度，所有这些气体冲破岩层的阻碍，沿着一些缝隙冲向火星地表，是以，此时的火星像是一个漏气的皮球，地表一些地方出现裂缝，呲呲呲地喷出大量的气体，伴随着地面的震动，以及向上隆起，那些是酝酿中的火山，熔岩正在下方积蓄力量，等待爆发。
“赛格，火星需要多久进入预定中的轨道？”
火星此时已经偏移原本的轨道，不用再撞击，也会再太阳和其他星球的引力的作用下，寻找新的平衡点，只是速度会有点慢。虽然可以通过撞击加快这个过程，不过，让火星自然进入预定轨道，显然是最保险最稳妥的。
“以目前火星运行轨道和速度，大约需要一百年时间，完全稳定，至少需要五百年。”
“嗯，几百年时间……相对于星球存在的漫长时间，一点不长。对地球的影响有多大？”火星原本的轨道上获取的阳光较少，所以，星球整体的温度较低，常温在零下20摄氏度，这一次改变火星的轨道，火星会靠近太阳一些，以获取更多的阳光，其实完全可以通过建造一批太阳镜，将太阳的光反射到火星上，不过，肖瑞觉得反光镜容易被小行星一类的击毁，这样做也不太自然，所以，尽可能采取了目前的轨道方案，这样一来，火星与地球在轨道上的距离同样拉近。
“在到达彼此轨道上最近距离的时候，会产生一些引力扰动，此外，地球的轨道会在未来数百年逐步偏移一些，总体上来说，影响应该不大。”
“具体点。”
“地球会产生轻微的震荡，相当于2级地震。”
“2级，问题不大。”肖瑞一听是2级，当即认为只是毛毛雨，不用上心。
“2级是地球整体上的数值，舰长应该知道，星球的构造不均匀，地震也会不均匀分布，也就是说原本的地震区域地震的几率增大……”
“嗯，好了，不用说了，我明白了，反正那些地方每年都要震那么几次，那些人已经习惯，不是大问题，再说说地球轨道偏移的事情。”
“由于与火星距离的拉近，地球也会向着火星靠近，会离太阳远一些，这样会让地球的整体温度下降一些。”
“具体下降多少？”
“预计轨道再次平衡后，总体降低3.3摄氏度左右。”
肖瑞想了想，似乎也不是什么大不了的事情，新闻里天天报道全球变暖，南极北极的冰层都化了，海水要淹没沿海地区，地球的夏天也越来越热，降一点温正好。
“那么不管地球了，地球的问题自然有地球上的人解决，对了，太阳监测的情况如何，火星磁场恢复前，会不会有太阳风？”
“根据近期太阳活动迹象和以往的数据演算，未来五十年可能会有三场较强的太阳风爆发，火星到时候的轨道，可能会遭遇到其中两场，只是无法预测太阳风的具体规模。”
肖瑞这下犯难了，火星磁场恢复至少得五十年，要是在这之前遇上太阳风，虽说一场太阳风也吹不走火星的大气，但是，多多少少会有一些影响，思索一下，问赛格：“太空工厂兼实验室可以建造一个保护火星的磁场吗？”
“可以制造，不过，以太空工厂的能源总量，停下所有工作，也只能临时支撑一个可以保护整个火星的磁场，不能持续太久。”
“这就好，反正只需要用一两次。”肖瑞放下心来，一边观看火星上美丽壮观的流星雨场景，又问：“火星达到离太阳较远的位置时，就会下雨了吧，那之后，火星海洋形成，应该可以播撒第一批种子，你选出的种子有哪些？”
肖瑞口中所谓的种子，就是第一批投入火星的生物，虽然依旧要等不短的时间，他已经有些迫不及待。肖瑞一提，赛格立即罗列出一些生物图片和资料，全是经过分析、对比选出的，地球上各种各样最可能第一批在火星存活的生物。
火星那样的环境如同地球没有诞生生命的时期，只有极为稀薄的氧气、没有食物来源，动物肯定无法存活，常见的植物也够呛，经过小行星撞击后的土壤不确定是否适合植物生长，能够第一批生存下去的只有一些生命力顽强的微生物和植物，嗜极细菌、藻类、苔藓、蕨类植物、各种杂草等，肖瑞特别关注的是藻类植物，尤其是那些微小的藻类，繁殖速度快，条件合适的话会呈几何倍数的增殖，更重要的是它们能进行光合作用产生氧气，改变火星大气成分，陨石坠落对于这些微小的生物并无多大的影响，所以，可以尽早投放。当然，这种藻类也有许多种，不乏一些在极端环境下生存的奇异藻类，对了，逐星者号飞船的有机物生产工厂的培养槽中也有各种外星藻类，肖瑞倒是迫不及待想看看，它们谁能在火星扎根，成为生态圈的基石。
肖瑞近来已经在采集各种藻类，藻类分布广泛，水源丰富的地区，随便一个水坑都能长出一片，纳米比亚这个干旱地区藻类略少，不过，靠近大海，海水中从微小肉眼不可见的蓝藻到各种大型藻类，应有尽有，东非大裂谷的一些火烈鸟觅食的盐碱湖生长一些适应高浓度盐碱环境的藻类、以及非洲一些火山温泉中生长着一些适应高温的藻类……
具体投放哪些藻类到火星，肖瑞倾向于将能找到的所有种类都送上去试试，毕竟影响生物能否存活的因素很多，以小行星撞击火星这种手段改造火星，其中不可控的因素极多，火星到时候的具体环境他也说不清，肯定不会是单一的环境，除了大体按照这些藻类在地球上的生活环境安置，还可以尝试放到不同的环境中，种类越多，能有存活下来的种类的几率越高，本来，要构建一个完善的生态圈，不会因为缺少了某个生物就变得不稳定甚至崩溃，生物的种类自然越丰富越好。
还有极为关键的一点就是，运送这些藻类到火星，并不需要大型飞船，探索飞船完全可以胜任。
通过藻类改造火星大气，只是建立火星生态的第一步，提升火星大气氧气含量，会是一个长期的过程，此外还得制造臭氧层以过滤太阳辐射，总之，需要做的事情还有许多许多。生态圈的建造，也并不是简单地将地球上的生物搬到火星上就完事，火星的重力等因素不同于地球，将地球的生物放到火星，随着时间的流逝，也会自然产生一些变化，乃至于变异。肖瑞希望未来火星的生物是完全适应火星环境的本土生物，他如此劳心费力地建立生态圈可不止是营造一个适宜生存的环境，他还有一个重要的目的，那就是让自身也获得进化。
将地球上一些生物的基因导入自身的基因中，或许肖瑞可以获得一些特殊的能力，不过，这些基因终究只是来自只能在星球生态圈内生活的生物，等级不高，限制极大，虽然各种生物的能力也是千差万别，最基本的原理并无多大区别，这些基因带来的能力大多与身体形态结构相辅相成，根本不可能导入基因就能够获得，肖瑞也没有改变自身形态、变成半兽半人模样的打算。
肖瑞需要的是高等级的基因，也许地球上一些奇特的生物的基因等级不低，但也不一定适用于人体，需要长时间的分析、改造、实验。肖瑞主要将主意打在他手上的几份外星人基因上，作为能凭肉体在宇宙空间生存的存在，可比地球生物高级得多，只是与地球人的基因差异太大，无法直接导入。或许外星人具有成熟的基因改造技术，可是遗留的逐星者号只是飞船并不算重要的一部分，缺乏关键性的技术资料，肖瑞只能自己想法子解决这个问题，按照他的设想，将外星人的基因碎片导入一些地球生物的体内，促进它们变异、进化，以此来获得他需要的基因，所以，未来的火星将会是一个巨大的生物试验场。